Wybitny saksofonista i kompozytor, współpracował z artystami takimi jak Paul Jackson, Jose Carreras, Natalia Kukulska, Wojtek Pilichowski, Maryla Rodowicz, Kasia Kowalska czy Reni Jusis. Jako muzyk sesyjny nagrał kilkadziesiąt płyt. Obydwie płyty solowe Nowakowskiego „Smooth Night” i „Better Days” zyskały status złotych, a singlowy utwór z pierwszej płyty znalazł się na najpopularniejszych kompilacjach muzycznych w Polsce: Smooth Jazz Cafe 7 Marka Niedźwieckiego oraz Pinacolada vol. 3.
Nowakowski specjalizuje się również w grze na innych instrumentach dętych drewnianych, takich jak: flet, klarnet, klarnet basowy, fagot, harmonijka oraz Electric Wind Instrument – EWI, jednak jego największą pasją jest gra na saksofonie.
Był założycielem zespołu Whoops, w którym zauważył go Wojtek Pilichowski i zaprosił do współpracy w swoim solowym projekcie, co zaowocowało licznymi koncertami oraz gościnnym występem w zespole Woobie Doobie na Yamaha Days. Już w 1997 roku, podczas nagrywania płyty „Puls” z Natalią Kukulską przyjął propozycję Wojtka Olszaka i na stale związał się z tym zespołem. W październiku płyta „Puls” okryła się złotem. Miesiąc później zyskała status platynowej, a następnie podwójnej platyny. Dalsza współpraca z tą artystką zaowocowała w maju 1999 roku złotą płytą za album „Autoportret” i w 2000 roku za album „Tobie”.
Jako artysta odnajduje się w wielu gatunkach muzycznych. Przykładem tego może być nagrana w 1999 roku z Funky Filonem hip hopowa płyta „Autorytet” czy rozpoczęta w 2000 roku współpraca z gwiazdą muzyki country Andrzejem Cierniewskim. Zimą 2002 roku Marcin Nowakowski wraz z Josse Carrerasem i Natalią Kukulska oraz Orkiestrą Symfoniczną Polskiego Radia wykonał podczas koncertu telewizyjnego standard jazzowy Cole Portera „Night and Day”.
Ostatnio ukazała się dwupłytowa kompilacja „Smooth & Chill”, owoc współpracy Marcina Nowakowskiego i dziennikarza muzycznego Artura Orzecha, w której prezentują swoje ulubione nagrania mistrzów gatunku smooth jazz i chillout.
